Jonathan comenzó en el Infantil B, y fue subiendo por las categorías inferiores del club azulgrana: Infantil A, el Cadete B y el Cadete A y Juvenil B. La temporada 2008-09 la disputó en el Juvenil A, donde fue capitán del equipo. Jugador autor del gol número 1000 de la selección española: el 6 de septiembre de 2006 en Belfast, marcó este histórico tanto, tras los 523 encuentros disputados por el combinado nacional desde su debut el 28 de agosto de 1920 en Amberes.
