Posteriormente, Jonathan fue seleccionado por Aguirre para formar parte de la lista de treinta jugadores pre-seleccionados para disputar el Mundial de Sudáfrica 2010; sin embargo, el 30 de mayo de 2010 no fue incluido en la lista definitiva de veintitrés futbolistas que disputarían el campeonato con México, lo que causó malestar en su entorno. Al llegar a Turquía, equipacion barça Rüştu fue aclamado por los turcos ya que fue uno de los artífices del llamado «milagro turco».
