Alianza Lima y con grandes posibilidades de campeonar, sin embargo ante la suspensión del campeonato y según la tabla de posiciones en ese momento, se declaró que Alianza Lima fuera el ganador del torneo clausura. En el 2004 su participación en el torneo local fue discreta, equipacion barcelona 2023 pues terminó octavo y en el 2005 terminaría duodécimo en el Torneo Apertura y octavo en el Torneo Clausura. El 2007 parecía un gran año para el club pues se habían hecho contrataciones para luchar un campeonato, el equipo peleó el Apertura pero a falta de cuatro fechas y cuando aún faltaba un partido decisivo frente a la Universidad San Martín de Porres que era el puntero y que sólo le llevaba un punto al Boys, el equipo cayó en su rendimiento notablemente y no pudo conseguir el título.
